cygwin1.7.33-1下安装mbsystem5.3.2207

1、安装cygwin1.7.33-1

      我花掉一个晚上和上午的时间用多个镜像站，下载了2015年1月22日的cygwin的完整安装包，总共24G。

然后采用本地安装。和推荐配置Curr。

      如果以后需要什么，直接运行 setup进行安装就可以了。

     运行cygwin的setup安装vim，gcc；

      配置windows环境变量，

      需要将F:\cgywin\bin加入系统path目录第一个。这样，就有神奇的事情发生：

     （1）  Cygwin端可以调用windows里的EXE

      （2）Windows的cmd窗口也可调用cygwin的命令

        不知是不是cygwin由win32 api写就的缘故？

2、编写hello程序

    编写第一个hello程序

      #cd   进入/home/administrator

      #mkdir test   创建/home/administrator/test目录

      #vim hello.c

      int main(void)｛

            printf(“Hello World”);

       }

     ESC,:wq保存退出。

     #cat hello.c 查看hello.c文件

 

    #gcc hello.c –o hello

    #ls

    #./hello

   输出Hello World

3、安装mbsystem5.3.2207

   (1)gmt4

    mbsystem需要安装gmt4，如果安装gmt5，就会报错gmtdefs找不到的错误，也就是说mbsystem基于gm4

    根据gmt网站说明，需要如下包：

    cmake, fftw, fftw-devel, gcc, g++, ghostscript, gv, libnetcdf7, libnetcdf7-devel,
    libnpcr0, libnpcr0-devel, make, openssh, subversion, xinit, zlib, zlib-devel

    这些包通过cygwin setup来安装

    没有gdal，下载gdal1.11.1，安装三部曲 (./configure,make,make install)。

    (2)下载 pslib-0.4.5，并安装

    (3)配置当前用户的文件.bash_profile

  

     #all
    export PATH="/bin:/usr/sbin:/usr/local/bin:/home/Administrator/GMT4.5.6/bin

                             :/home/Administrator/mbsystem-5.3.2017/bin:${PATH}"

    #gdal

   #gmt
    export HDF5_DISABLE_VERSION_CHECK=2
     export CMAKE_ROOT="/usr/share/cmake-2.8.9"

    #mbsystem
    export CPPFLAGS="-I/usr/include/tirpc -I/usr/include -I/usr/local/include

                                         -I/home/Administrator/GMT4.5.6/include -I/usr/local/include/libps -I/usr/include/cloog-isl"
    export LDFLAGS="-L/lib -L/usr/local/lib -L/home/Administrator/GMT4.5.6/lib"
    export LIBS=-llibtirpc

  注意：在编译mbsystem出现找不到rpc，因为cygwin中用tirpc替换了

              出现undefined type name “ choke”，需要包含cloog-isl

              文件有时候不认，用命令dos2unix -n .bash_profile .bash_profile
             source使文件生效
 

(4)配置intall_makefiles

# Required parameters:
$MBSYSTEM_HOME = "/home/Administrator/mbsystem-5.3.2017";
$OS = "CYGWIN";
#$CFLAGS = "-Wall -g -I/usr/include/X11 -I/usr/include/tirpc";
#$LFLAGS = "-Wall -lm -bind_at_load -Wl,-dylib_file,/System/Library/Frameworks/OpenGL.framework/Versions/A/Libraries/libGL.dylib

                              :/System/Library/Frameworks/OpenGL.framework/Versions/A/Libraries/LibGL.dylib";
$CFLAGS = "-g -fdata-sections -I/usr/include/X11 -I/usr/include/tirpc";
$LFLAGS = "-ltirpc -llibtirpc -lm -Wl,--enable-runtime-pseudo-reloc";
$NETCDFLIBDIR = "/lib";
$NETCDFINCDIR = "/usr/include";
$GMTLIBDIR = "/home/Administrator/GMT4.5.6/lib";
$GMTINCDIR = "/home/Administrator/GMT4.5.6/include";
$LEVITUS = "$MBSYSTEM_HOME/share/LevitusAnnual82.dat";
$PROJECTIONS = "$MBSYSTEM_HOME/share/Projections.dat";
#
# Required parameters for spectrogram program mbsegypsd
#   - mbsegypsd will not be built if these are commented out
$FFTWLIBDIR = "/lib";
$FFTWINCDIR = "/usr/include";
#
# Required parameters for graphical tools
#   - graphical tools will not be built if these
#     are commented out
$MOTIFINCDIR = "/usr/include";
$MOTIFLIBS = "-L/lib -lXm -lXt -lX11";
#
# Required parameter for visualization tools
#   - visualization tools will not be built if this
#     is commented out
$OPENGLLIBS = "-lGLU -lGL";
#
# Required parameter for mblevitus program
$LEVITUS = "$MBSYSTEM_HOME/share/LevitusAnnual82.dat";
#
# Required parameter for mbotps program

#这个包我下载了，但是没有什么作用
$OTPSDIR = "/home/Administrator/OTPSnc";
#
# Optional parameter for use of non-default C compiler
#$CC = "gcc";
#
# Optional parameters for use of independent GSF library installation
#   - GSF library included with MB-System will be used
#     if these are commented out
#$GSFLIB = "/lib/libgsf-1.dll.a";
#$GSFINCDIR = "/usr/include/";
#
# Optional parameters for use of independent PROJ4 library installation
#   - PROJ4 library included with MB-System will be used
#     if these are commented out
#$PROJLIB = "/lib/libproj.a";
#$PROJINCDIR = "/usr/include/";

（5）

运行./install_makefiles生成makefile

 

make

 

（6）运行mbsystem，查看数据

      /mbexamples/cookbook_examples/other_data_sets/目录下

 

        cd ew0203survey/
       ls -1 | grep mb183$ > tmplist

       mbdatalist -F-1 -I tmplist > datalist-1

       mbdatalist -F-1 -I filelist.124 -N  //生成辅助文件

       mbdatalist -F-1 -I filelist.124  -R170.133/170.35/42.2/42.4 > survey-filelist.124 //取范围

      mbm_plot -F-1 -I survey_filelist.124 -G1 //显示

      生成survey_filelist.124.cmd文件，这个文件需要修改。

       这里有1个问题：ghostview的问题,ghostscrip官网到ghostview1.5就不再更新，关键不是很好用，被gsview替换了，下载一个gsview的windows版本，

      然后在cygwin中调用。